退税部门办理出口货物退税必须的工作流程，它包括应退税款的申请、审核、审批三个环节。
(1)出口货物的退税申请。出口货物在报关出口并在财务上做销售处理以及经过退税机关的退税鉴定的基础上，出口企业按退税期限自行计算填制《出口货物退(免)税申报表》，实行计算机治理的出口企业，可按照“出口退税申报系统”的要求生成《出口货物退税进货凭证申报表》、《出口货物退税申报明细表》、并填写《出口货物退税汇总申报表》，连同有关退税凭证及申报数据，向税务机关提出申请退税。
(2)出口货物审核。分为外经贸部门稽核和基层税务机关审核。外经贸部门要根据本地区出口退税业务量的情况，设置出口退税稽核组或专职稽核员，负责监督检查出口企业执行退税政策规定的情况。基层税务机关审核，是在经贸部门审核的基础之上，对企业退税请的审核、核实工作。
(3)出口退税的审批和税款的退付。地市以上的国家税务局具有出口退税审批权，其将出口企业申报表的内容录入出口退税计算机审核系统，与报关单、外汇核销单、专用税票等电子数据进行计算机交叉稽核，对稽核通过的数据，在国家下达的计划指标内，填开“收入退还书”，送达所在地金库，据以办理税款退库手续，将税款从当地金库的中心收入中退付给企业。
