住房公积金管理实行管委会决策、管理中心运作、银行专户存储、财政监督的原则。
管委会决策，是指管委会具有独立制定住房公积金政策的权力。凡涉及住房公积金制度的重大事项都由管委会根据法律赋予的权限作出，包括住房公积金缴存比例、归集、使用计划、贷款政策，对住房公积金运作机构进行监督等等。
管理中心运作是指管理中心在管委会领导下具体执行住房公积金的各项政策。它有相对独立的管理职能，使住房公积金既置于管委会的严格控制之下，又具有一定的灵活性，公开、公正，更有效率。
银行专户存储是指管理中心在银行开设住房公积金资金专户，住房公积金资金的归集和使用通过专户进出。这是住房公积金统一管理和专款专用的重要一环。银行专户存储，也是金融法规所要求的，管理中心不是金融机构，不可以直接从事住房公积金的存贷款业务，这就要求把住房公积金的金融业务委托给银行进行运作，在银行设立专户。
财政监督是指政府相关部门对住房公积金的运作管理进行检查监督的总称。实际上，住房公积金管理体制中的监督，除财政监督外，还包括审计监督，社会监督等环节。财政、审计监督的根本目的，是防止住房公积金的挪用和控制管理中心的费用支出，使住房公积金的管理工作更加规范、高效。社会监督的目的，是保护全体住房公积金缴存人的利益，通过社会监督的方式，使管理中心的管理工作更加公开、公正、公平。
