本罪与其他俩罪的区别一般比较明显，但在行为人与组织他人偷越国（边）境的组织者或偷越国（边）境的人事前通谋，由行为人向组织者或偷越国（边）境的人出售出入境证件的情况下，对行为人是按非法出售出入境证件罪处理，还是按组织他人偷越国（边）境罪的共犯处理，实践中有不同认识。我们认为，在这种情况下，对行为人也应按非法出售出入境证件罪论处。在妨害国（边）境犯罪分工日益精密化的情况下，为让所有的犯罪行为都能得到惩治，本法将各种犯罪行为都以明确的罪名规定下来，真正做到有法可依。从理论上讲，行为人无论是否和组织者或偷越国（边）境人通谋，其出售出入境证件的行为都已构成独立的犯罪，也没必要作为其他犯罪的共犯处理。
⑴犯罪对象不同。本罪的犯罪对象既包括出境证件，也包括入境证件，而后罪的犯罪对象仅包括出境证件。
⑵客观行为不同。本罪的行为特征是把自己的证件或低价购买的证件出售，而后罪的行为特征是弄虚作假，骗取出境证件。
⑶主观方面有所不同。本罪不要求特定的犯罪目的，而后罪则要求必须有为组织他人偷越国（边）境使用的目的。
