区分本罪与国家工作人员工作失误的界限。如果行为人主观上不是明知，而是出于其业务知识、经验不足，或者是调查研究不够充分，工作作风不够深入，思想方法简单片面造成认识偏颇而发生的错误行为，即使造成一定危害后果的，一般也不构成犯罪，如果情节严重或者造成重大后果而构成其他犯罪的，应以其他相应犯罪论处。
两罪都是特殊主体，都表现为徇私枉法，都侵犯了国家机关的正常活动。但两罪之间的区别是明显的：（1）主体不同。本罪的主体是行政执法人员；后罪的主体是司法工作人员。（2）客观行为不同。本罪是利用行政执法的职权，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交的行为；后罪则表现为利用司法职权，违背事实和法律，作刑事枉法追诉或者枉法裁判的行为。（3）本罪侵犯的直接客体是行政机关的行政管理、行政执法活动；后罪侵犯的直接客体是司法机关的正常活动。
其区别在于：
1．犯罪主体不同。本罪的犯罪主体是特殊主体，即必须是行政执法人员才能构成；包庇罪由一般主体即可构成，
2．客观方面不同。本罪必须是利用职务之便或违背职责实施的行为才构成；而包庇罪不必利用职务之便即可构成。
