第一、婚姻效力的起算时间不同
补办结婚登记的效力“从双方均符合规定的结婚的实质要件时起算”;补领结婚证，其婚姻关系的效力从原办理结婚登记时起算。
第二,针对的对象不同
新婚姻法增加的补办结婚登记是针对那些符合婚姻法关于结婚的实质要件，举行了结婚仪式或已经以夫妻名义共同生活，但未履行法定的结婚登记手续的男女;而补领结婚证是指那些已经办理过结婚登记手续，但因结婚证丢失或损毁，要求婚姻登记机关根据婚姻登记档案为其补发结婚证的人。
第三，办理的程序不同
补办结婚登记必须符合关于结婚登记的所有法定要件，办事人双方必须同时到场，只能在一方当事人常住户口所在地办理;补领结婚证并不需要双方当事人必须同时到场，当事人可以到原办理结婚登记的机关申请补领，也可以到现在一方常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。
第四，结婚证上的登记日期含义不同
虽然补办结婚登记效力可以追溯到两人同居之日(如果同居时已经符合结婚的实质要求)，但该效力的追溯并不在结婚证上体现，补办登记发出的结婚证上的“登记日期”是当事人补办登记当天的日期，如果日后当事人因婚姻效力的起算日期出现争议，可以通过司法程序由人民法院确认该婚姻发生法律效力的真正时间。补领的结婚证则应根据结婚登记档案在“登记日期”栏填写原办理登记的日期;另外，根据《民政部关于启用新式婚姻登记证等问题的通知》(民发[2003]190号)规定，补办结婚证就在结婚证备注中注明：“结婚证遗失，补发此证。XXXX年XX月XX日(补发日期)”。
