专门人民法院是指专门设立审理特种类型案件的人民法院，包括军事法院、铁路运输法院、海事法院、森林法院和其他专门法院。专门法院不受理一般民刑、经济案件，而是审理与设立法院有关的专门案件。这类案件专业性强、涉及面广、机密性大，需由专门法院进行审理。如军事法院专门审理有关军事部门的案件，铁路运输法院只审理与铁路运输有关的案件，等等。关于专门法院的组织和职权，人民法院组织法规定由全国人大常委会另行规定。
目前我国设有军事法院、海事法院和铁路运输法院等三种专门人民法院。
军事法院包括中国人民解放军军事法院(军内的最高级)、大军区及军兵种军事法院(相当于中级层次)、军级军事法院(基层级)三级，军事法院的最高审级是中华人民共和国最高人民法院，军事法院负责审判军事人员犯罪的刑事案件。
海事法院只设一级，设立在广州、上海、武汉、天津、大连、青岛、宁波、厦门、海口和北海等港口城市，其建制相当于地方的中级人民法院。海事法院管辖中国法人和公民之间，中国法人、公民和境外(外国或地区)法人、公民之间，境外(外国或地区)法人和公民之间的第一审海事案件和海商案件。对海事法院判决和裁定的上诉案件，由海事法院所在地的高级人民法院管辖。
铁路运输法院是设在铁路沿线的专门人民法院，分为二级:一是在铁路管理分局所在地设立铁路运输基层法院，二是在铁路管理局所在地设立铁路运输中级法院。铁路运输法院负责审判由铁路公安机关侦破、铁路检察院起诉的发生在铁路沿线的刑事犯罪案件和与铁路运输有关的经济纠纷。对铁路运输中级法院判决和裁定的上诉案件，由所在地的省、自治区、直辖市高级人民法院管辖。
